Kabupaten Buru dibentuk berdasarkan Undang-Undang Nomor 46 Tahun 1999 tentang Pembentukan Propinsi Maluku Utara, Kabupaten Buru dan Kabupaten Maluku Tenggara Barat, yang telah diperbaharui dengan Undang-Undang Nomor 6 Tahun 2000. Dengan memperhatikan kepentingan pelayanan publik dan tuntutan rentang kendali pemerintahan, sampai dengan awal tahun 2008 wilayah pemerintahan kecamatan di Kabupaten Buru mencakup 10 kecamatan. Selanjutnya, dengan telah diberlakukannya Undang-Undang Nomor 32 Tahun 2008 tentang Pembentukan Kabupaten Buru Selatan, maka 5 wilayah kecamatan yang secara geografis berada di bagian selatan Kabupaten Buru terpisah menjadi wilayah otonom, yakni Kabupaten Buru Selatan.
Namun pada akhir Tahun 2012 terjadi pemekaran 5 Kecamatan baru yang tertuang dalam Peraturan Daerah No. 20,21,22,23 dan 24 Tahun 2012 Tentang Pembentukan Kecamatan Lolong Guba, Kecamatan Waelata, Kecamatan Fena Leisela, Kecamatan Teluk Kaiely dan Kecamatan Lilialy, sehingga Kabupaten Buru menjadi 10 Kecamatan :

1. Kecamatan Namlea       : Ibukota Namlea
2. Kecamatan Airbuaya      : Ibukota Airbuaya
3. Kecamatan Waeapo      : Ibukota Waenetat
4. Kecamatan Waplau        : Ibukota Waplau
5. Kecamatan Batabual      : Ibukota Ilath
6. Kecamatan Lolong Guba  : Ibukota Kubalahin
7. Kecamatan Waelata       : Ibukota Basalale
8. Kecamatan Fena Leisela  : Ibukota Wamlana
9. Kecamatan Teluk Kaiely  : Ibukota Kaiely
10. Kecamatan Lilialy            : Ibukota Sawa